吴阶平医学基金会是经国家民政部批准于2002年2月在北京成立，是国家卫生健康委员会直属的行业基金会。吴阶平医学基金会的前身是吴阶平泌尿外科医学基金会，在吴阶平院士亲属台湾裕隆集团董事长吴舜文女士及其他国内外亲友的共同倡议和支持下于1995年成立，同时得到来自中国大陆、中国台湾和中国香港地区，美国、新加坡等国的企业及个人捐助。

  吴阶平医学基金会的宗旨是弘扬吴阶平院士高尚医德和治学精神，促进医学同道和社会各界人士团结合作，推动医学进步和人类健康事业发展。吴阶平医学基金会成立以来秉承公益性、学术性、规范性原则，支持医学科研和医学领域的学术交流，开展健康公益活动，科普教育和医疗救助，组织吴阶平医学奖等医学奖项的评选活动。2017年获得国家民政部颁发的慈善组织公开募捐资格证书。