海南南海慈爱基金会于2013年6月9日正式成立，并依法向海南省民政厅申请登记(统一信用代码：534600000696650198)，类型：地方性公募，业务主管部门为海南省民族宗教事务委员会。

  业务范围：接收国内外社会团体，企事业单位和个人捐赠，用于修缮扩建寺庵等佛教慈善公益事业;帮助遭受重大自然灾害的地区，残疾等弱势群体提供帮助等公益事业。

  海南南海慈爱基金会第一次代表大会于2013年11月8日在三亚南山寺召开，会议审议通过了《海南南海慈爱基金会第一届理事会工作报告》，《海南南海慈爱基金会章程》，选出了海南南海慈爱基金会第一届领导班子。印顺大和尚当选为海南南海慈爱基金会理事长。

  为了推动南海佛学院建设资金于2015年3月11日由海南南山寺慈善基金会变更为海南南海慈爱基金会，2016年7月28日召开理事会，理事长由印顺变更为朱学杰。

  海南南海慈爱基金会自从2013年创办以来已经有五年时间，经过一个初步摸索期，海南南海慈爱基金会开始走向正式建立阶段，为了推动南海佛学院建设资金，开始发动佛教界和社会各界支持南海佛学院建设，充分发挥基金会在筹集资金方面的作用，按照章程开展基金会正常业务。

  海南南海慈爱基金会内设秘书处。

  海南南海慈爱基金会理事长一人，副理事长一人，秘书长一人，理事二人，监事三人。